Po 14 latach Shinji budzi się na pokładzie AAA Wunder należącego do wrogiej NERV-owi organizacji założonej przez byłych członków NERV-u. Shinji słyszy głos Rei dochodzący z przesłanej mu na ratunek EVY-09 i udaje się do NERV-u. Kaworu Nagisa pokazuje Shinjiemu zmienioną ziemię. Shinji dowiaduje się, że ratunek Rei wywołał Prawie Trzecie Uderzenie, które spowodowało katastrofalne szkody.
